Por ocasião do recebimento e do desembarque dos animais, o estabelecimento deve verificar os documentos de trânsito previstos em normas específicas, com vistas a assegurar a procedência dos animais, sendo que os documentos de trânsito podem ser enviados até o dia seguinte ao abate dos animais.

Cabe ao estabelecimento decidir a adoção ou não de medidas para evitar maus tratos aos animais e aplicar ações que visem à proteção e ao bem-estar animal, desde o embarque na origem até o momento do abate.

Os animais que chegarem em veículos transportadores lacrados por determinações sanitárias, conforme definição do órgão de saúde animal competente, deverão ser desembarcados assim que chegarem no estabelecimento, mesmo que na ausência de acompanhamento por um servidor do SIF.

Na inspeção ante mortem , quando forem identificados animais suspeitos de zoonoses ou enfermidades infectocontagiosas, ou animais que apresentem reação inconclusiva ou positiva em testes diagnósticos para essas enfermidades, o abate deve ser realizado em separado dos demais animais, adotadas as medidas profiláticas cabíveis. 

Dentre as espécies de abate de pescado, somente os peixes devem ser submetidos à inspeção ante mortem.