Na interdisciplinaridade, as disciplinas contribuem de maneira independente para um tema comum, enquanto na transversalidade, as disciplinas se fundem para criar um novo campo de estudo.

Interdisciplinaridade busca a integração de diferentes disciplinas para abordar um tema comum, com contribuições únicas de cada área, enquanto a transversalidade busca a incorporação de temas e valores em diversas disciplinas, buscando promover a formação integral do aluno. 

A interdisciplinaridade é mais centrada no aluno, promovendo a conexão entre áreas do conhecimento, enquanto a transversalidade prioriza a especialização em disciplinas específicas.

Na interdisciplinaridade, a ênfase está na colaboração entre professores de diferentes disciplinas, enquanto na transversalidade, a ênfase está na colaboração entre alunos.