A comparação entre Ressonância Magnética (RM) e outros métodos de diagnóstico, como a Tomografia Computadorizada (TC), tem sido alvo de diversos trabalhos atuais. Tais pesquisas vêm avaliando diferentes variáveis de diagnóstico, como extensão em tecidos e envolvimento ósseo. A imagem por Ressonância Magnética (RM) é efetiva na diferenciação entre tumores e cistos e na avaliação da infiltração de tecidos tumorais malignos nos tecidos moles circundantes. Assim, para a detecção de lesões malignas, a Ressonância Magnética (RM) tem-se mostrado mais eficiente que a Tomografia Computadorizada (TC).

Na avaliação de envolvimento ósseo, a Ressonância Magnética (RM) tem sido considerada menos confiável do que a Tomografia Computadorizada (TC), conforme o relato principalmente de pesquisas sobre o diagnóstico de tumores benignos. A cortical óssea normal não emite sinal de Ressonância Magnética Nuclear (RMN), aparecendo como hiposinal na imagem obtida por este método. Assim, tanto a interrupção dessa normal ausência de sinal da cortical como o aumento do sinal mostrando diferentes graus de cinza na imagem podem ser considerados indicativos de invasão cortical tumoral.

Na avaliação de recidivas, a Ressonância Magnética (RM) é superior à Tomografia Computadorizada (TC), uma vez que a primeira permite a diferenciação tecidual com base na composição dos prótons, podendo ser avaliada com diferentes graus de contraste na imagem de diagnóstico. 

Artigos recentes têm descrito a inovadora utilização da Ressonância Magnética (RM) no acompanhamento transcirúrgico de intervenções de remoção de tumores bucais. Este sistema permite que o cirurgião utilize as imagens providas por este método durante a cirurgia, podendo, então, comparar o curso do tratamento cirúrgico que está sendo realizado com o planejamento cirúrgico previamente realizado com as imagens.

Embora conhecida a importância das imagens obtidas por Ressonância Magnética (RM), as pesquisas atuais apontam que este método é o mais impreciso e não recomendado para o diagnóstico de tumores. A Ressonância Magnética (RM) no planejamento cirúrgico de eventuais resseções não deve ser utilizada.