Não é permitida à farmácia a dispensação de medicamentos manipulados em substituição a medicamentos industrializados, sejam de referência, genéricos ou similares.

As farmácias que mantêm filiais devem possuir laboratórios de manipulação em funcionamento em todas elas, não sendo permitido centralizar a manipulação de determinados grupos de atividades em sua matriz nem em nenhuma de suas filiais.

Às farmácias que mantêm filiais, é vedada a centralização de atividades do controle de qualidade.

Farmácias de unidades hospitalares também podem realizar a comercialização dos medicamentos ali manipulados.

É recomendável que os prescritores de fórmulas magistrais façam a indicação de estabelecimento farmacêutico para manipulação.