Embora a maioria das identificações dos fungos seja baseada principalmente na avaliação da morfologia da colônia e nos aspectos microscópicos, testes bioquímicos básicos podem ser necessários para diferenciar gêneros ou espécies muito semelhantes.

As espécies de Aspergillus isoladas mais comumente nos laboratórios clínicos são Aspergillus fumigatus, A. flavus, A. niger e A. terreus. A maioria das infecções graves é causada por A. flavus.

Quando um fungo é reconhecido em cultura, a identificação presuntiva/definitiva é realizada com base no exame visual da morfologia da colônia em conjunto com as análises microscópicas de uma preparação direta a fresco.

De forma a impedir a proliferação de bactérias comensais possivelmente presentes nos espécimes não estéreis, que possam demorar a ser processados ou enviados a um laboratório de referência, pode-se acrescentar penicilina (20 U/ml) ou cloranfenicol (0,2 mg/ml) à amostra.