órgãos de assistência direta e imediata ao Ministro de Estado e a Casa Civil da Presidência da República, como a Secretaria- Executiva e a Comissão de Anistia e dos Desaparecidos Políticos

órgãos específicos singulares ligados a Secretaria Nacional de Justiça: Departamento de Justiça, Classificação, Títulos e Qualificação; Departamento de Recuperação de Ativos e Cooperação Jurídica Internacional; Departamento de Estrangeiros.

órgãos singulares ligados a Secretaria Nacional de Segurança Pública: Departamento de Polícia Federal; Diretoria de Combate ao Crime Organizado; Departamento de Execução e Avaliação do Plano Nacional de Segurança Pública; Departamento da Força Nacional de Segurança Pública.

órgãos específicos ligados a Secretaria de Direito Econômico: Departamento de Combate à Pirataria e Delitos contra a Propriedade Intelectual; Departamento de Proteção a Concorrência e Defesa Econômica; e Departamento de Proteção e Defesa do Consumidor

entidades vinculadas: a autarquia Conselho Acompanhamento de Defesa Econômica e a fundação privada Fundação Nacional do Índio.