Os sintomas mais comuns da faringoamigdalite estreptocócica são similares aos de infecções respiratórias e gastrointestinais, incluindo tosse, coriza, conjuntivite e diarreia.

Faringoamigdalites eritematosas se manifestam com hiperemia e congestão na superfície da faringe e das amígdalas, sendo os principais agentes causadores virais. 

Nas faringoamigdalites ulcerosas, há hiperemia e inchaço juntamente com exsudato amarelado não aderente nas criptas e na superfície das amígdalas, causadas principalmente por Streptococcus beta-hemolítico do grupo A e pelo vírus Epstein-Barr.

Faringoamigdalite não-estreptocócica tem sintomas como dor aguda na garganta, febre, dor de cabeça, dificuldade para engolir, dor abdominal, náuseas, vômitos, erupções cutâneas, manchas vermelhas no céu da boca, exsudato purulento e aumento dos linfonodos cervicais.

Faringoamigdalites ulcerosas mostram placas esbranquiçadas aderentes no tecido amigdaliano, podendo se estender até a faringe, palato e úvula. Um dos agentes causadores é Corynebacterium diphtheriae.