Os recursos da União transferidos aos demais entes da Federação e movimentados, até a sua destinação final, devem ser creditados em contas específicas mantidas em instituição financeira oficial federal.

O Fundo de Saúde, instituído por decreto e mantido em funcionamento pela administração direta da União, dos Estados, do Distrito Federal e dos Municípios, constituir-se-á em unidade orçamentária e gestora dos recursos destinados a ações e serviços públicos de saúde. 

É obrigatória a prévia celebração de convênio para a transferência de recursos do Fundo Nacional de Saúde aos Estados, destinados a despesas com as ações e os serviços públicos de saúde, de custeio e capital. 

As transferências de recursos dos Estados para os Municípios destinadas a financiar ações e serviços públicos de saúde são realizadas diretamente às respectivas Secretarias de Saúde, para subsequente repasse aos Fundos Municipais de Saúde. 

Os Estados e os Municípios que estabelecerem consórcios para a execução conjunta de ações e serviços de saúde não poderão remanejar entre si parcelas dos recursos dos Fundos de Saúde derivadas de transferências obrigatórias.