O processo para garantir a qualidade, a segurança e a eficácia dos medicamentos fundamenta-se no cumprimento da regulamentação sanitária, destacando-se as atividades de inspeção e fiscalização, com as quais é feita a verificação regular e sistemática. 

No âmbito municipal não é de responsabilidade das Secretarias de Saúde investir na infraestrutura de centrais farmacêuticas e das farmácias dos serviços de saúde, visando assegurar a qualidade dos medicamentos. 

Cabe ao Ministério da Saúde promover o fortalecimento da Secretaria de Vigilância Sanitária, dotando-a das condições necessárias ao cumprimento das responsabilidades do gestor federal, especialmente no tocante à garantia da segurança e qualidade dos medicamentos.

O conceito de segurança é relativo, pois todos os medicamentos podem ser tanto prejudiciais como benéficos. Conhece-se como margem de segurança a diferença entre a dose eficaz habitual e a dose que produz efeitos colaterais graves ou de risco à vida.

No caso de a dose eficaz habitual de um fármaco ser tóxica, os médicos não utilizam o medicamento, a menos que a situação seja grave e que não exista uma alternativa mais segura.