O PSE é um programa vertical, com ações padronizadas nacionalmente, não cabendo adaptações para manter o caráter global e generalizável do programa.

A equipe de enfermagem, em articulação com a escola e demais profissionais de saúde, participa do diagnóstico situacional, do planejamento, da execução e da avaliação das ações do PSE, fortalecendo o trabalho intersetorial e a participação dos estudantes.

As ações do PSE priorizam verificação de peso e altura dos estudantes, sem foco em temas como saúde mental, sexualidade e prevenção de violências, que devem ser cobertos por ações da esfera estadual. Essa estratégia visa administrar em núcleos as situações-problema.

O planejamento das ações do PSE é responsabilidade exclusiva da escola, cabendo à equipe de saúde prontamente executar atividades solicitadas. 

A participação dos estudantes nas ações do PSE deve ser consultiva, utilizando pesquisas de opinião pública por meio de formulários, evitando-se atividades dialógicas que possam questionar normas escolares e comunitárias e polemizar a posição da escola.