O controle interno tem por finalidade verificar apenas os aspectos contábeis das ações governamentais, não sendo responsável por apoiar o controle externo ou avaliar os resultados da gestão pública e subordinar-se ao Tribunal de Contas, com a função de fiscalizar os atos administrativos de forma autônoma.

O sistema de controle interno deve ser mantido por todos os Poderes da União, de forma integrada, com o objetivo de avaliar a execução orçamentária, financeira e patrimonial, apoiar o controle externo e assegurar a conformidade dos atos com os princípios da administração pública.

O controle interno visa com exclusividade à apuração de ilícitos e responsabilização de agentes públicos, sem função de orientação preventiva e atua independentemente do controle externo, não havendo relação de cooperação entre ambos. 

O controle interno é um instrumento exclusivo da Controladoria-Geral da União e não pode ser implementado nos demais entes federativos e suas atividades de controle interno são exercidas de forma corretiva, sendo vedado o caráter preventivo em razão da separação dos poderes.

A atuação do controle interno está limitada à verificação contábil e financeira, não se estendendo a aspectos de economicidade e legalidade dos atos administrativos e é exercido apenas no Poder Executivo, uma vez que os demais Poderes não possuem obrigações constitucionais nesse sentido.