Os recursos do Fundo Nacional de Saúde poderão ser alocados em despesas de custeio e de capital do Ministério da Saúde, investimentos previstos em lei orçamentária, investimentos previstos no Plano Quinquenal do Ministério da Saúde e cobertura das ações e serviços de saúde a serem implementados por Municípios, Estados e Distrito Federal.

Os recursos do Fundo Nacional de Saúde serão destinados exclusivamente ao pagamento de profissionais da saúde vinculados aos Municípios. 

Os recursos previstos para cobertura das ações e serviços de saúde serão aplicados apenas em campanhas educativas, sem destinação para assistência ambulatorial ou hospitalar. 

Os recursos do Fundo Nacional de Saúde não poderão ser utilizados em investimentos previstos em lei orçamentária de iniciativa do Poder Legislativo.  

Os recursos destinados aos Municípios, Estados e Distrito Federal serão aplicados exclusivamente em ações de saúde bucal, conforme determinação do Ministério da Saúde.