Os membros da Diretoria Executiva deverão ter mais de dez anos no exercício de função ou de efetiva atividade profissional que exija notórios conhecimentos na área de gestão, de atenção hospitalar e de ensino em saúde.

A Diretoria Executiva da EBSERH será composta de até seis Diretores, nomeados pelo Presidente da EBSERH e indicados pelo Ministro de Estado da Saúde.

Compete à Diretoria Executiva designar e destituir o titular da auditoria interna, após aprovação da Controladoria Geral da União.

A Diretoria Executiva reunir-se-á, ordinariamente, uma vez a cada quinze dias e, extraordinariamente, sempre que convocada pelo Presidente da EBSERH, deliberando com a presença da maioria de seus membros.

O Presidente da EBSERH deverá acolher, em todas as hipóteses, as deliberações feitas pela maioria absoluta da Diretoria Executiva.