O Instituto Federal do Acre será dirigido por um(a) Reitor(a), escolhido em processo eletivo pelos servidores do quadro ativo permanente (docentes e técnico-administrativos) e pelos estudantes regularmente matriculados, nomeado na forma da legislação vigente, para um mandato de 04 (quatro) anos, contados da data da posse, permitida uma recondução.

Ao(À) Reitor(a) compete representar o Instituto Federal do Acre, em juízo ou fora dele, bem como administrar, gerir, coordenar e superintender as atividades da Instituição.

A estrutura organizacional e as competências dos cargos de cada uma das Pró-Reitorias serão definidas pelo Ministério da Educação.

O Gabinete, dirigido por um(a) Chefe(a) nomeado(a) pelo(a) Reitor(a), é o órgão responsável por organizar, assistir, coordenar, fomentar e articular a ação política e administrativa da Reitoria.