O diagnóstico diferencial baseia-se na correlação entre a etiologia e a topografia lesional: enquanto a úlcera traumática pode manifestar-se em qualquer superfície da mucosa bucal, a UAR apresenta tropismo quase exclusivo por tecidos não ceratinizados.

A presença de tecido firme (endurecido) à palpação é um sinal clínico que exclui a possibilidade de trauma e confirma o diagnóstico clínico de UAR ou pênfigo vulgar inicial. 

O tratamento de primeira escolha para as úlceras traumáticas persistentes consiste na aplicação de corticosteroides potentes, como o clobetasol, visando acelerar a reepitelização sem a necessidade de remover o agente irritante.

A manobra diagnóstica fundamental para a UAR é a biópsia incisional imediata, uma vez que o seu aspecto histopatológico com granulomas de necrose de caseificação é patognomônico.

A presença de um halo eritematoso circundando a zona de ulceração é um sinal exclusivo de úlcera traumática, sendo inexistente nas manifestações UAR.