O Conama (Conselho Nacional do Meio Ambiente) é o órgão central do sistema, responsável por planejar, coordenar e controlar as políticas públicas ambientais. 

O Ministério do Meio Ambiente e Mudança do Clima atua como órgão consultivo e deliberativo, tendo como função principal o estabelecimento de normas e padrões de emissão.

O Ibama (Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis) e o ICMBio (Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade) são órgãos executores, responsáveis por cumprir e fazer cumprir as normas federais e a fiscalização.

Os Conselhos Estaduais de Meio Ambiente (Consema) são órgãos seccionais e possuem hierarquia superior ao Conama em matéria de licenciamento de impacto local.

O Conselho de Governo é o órgão local do Sisnama, responsável por assessorar os prefeitos municipais na formulação de políticas de saneamento básico.