As diretrizes da Resolução CNE/CEB nº 4/2009 definem o AEE como uma modalidade de ensino independente, a ser desenvolvida em instituições especializadas, com autonomia curricular e pedagógica em relação ao ensino regular.

A oferta do AEE está condicionada à comprovação clínica do tipo de deficiência, transtorno ou superdotação, sendo necessária a apresentação de laudo médico que oriente o planejamento das intervenções pedagógicas especializadas.

O AEE configura-se como serviço complementar ou suplementar à formação escolar do aluno, devendo ser disponibilizado preferencialmente na própria escola, em turno contrário ao das aulas regulares, com vistas à eliminação de barreiras à aprendizagem.

O AEE deve ser oferecido em substituição às atividades curriculares do ensino comum, considerando a especificidade do público-alvo da Educação Especial e o direito a práticas pedagógicas compatíveis com suas singularidades.