O público beneficiário do PSE é apenas da comunidade escolar e, de forma reduzida, estudantes da Rede Federal de Educação Profissional e Tecnológica e da Educação de Jovens e Adultos (EJA).

As atividades de educação e saúde do PSE ocorrerão nos Territórios definidos segundo a área de abrangência da Estratégia Saúde da Família (Ministério da Saúde), tornando impossível o exercício de criação de núcleos e ligações entre os equipamentos públicos da saúde e da educação (escolas, centros de saúde, áreas de lazer, como praças e ginásios esportivos etc.). 

Para o alcance dos objetivos e sucesso do PSE, não é necessário compreender a Educação Integral como um conceito que compreende a proteção, a atenção e o pleno desenvolvimento da comunidade escolar, apenas saber acolher. 

O PSE tem como objetivo contribuir para a formação integral dos estudantes por meio de ações de promoção, prevenção e atenção à saúde, com vistas ao enfrentamento das vulnerabilidades que comprometem o pleno desenvolvimento de crianças e jovens da rede pública de ensino. 

O público beneficiário do PSE é apenas dos estudantes da Educação Básica, não incluído gestores e profissionais de educação e saúde.