Os atos que importarem dano ao erário ou ao meio ambiente constituirão Tomada de Contas Especial, a ser instaurada por determinação do órgão julgador ou, ainda, de ofício pelo poder judiciário, conforme ordem do juízo competente.

Como se trata de procedimento investigativo e de apuração próprio, a instauração do Processo de Tomada de Contas Especial dispensa a prévia apuração dos fatos ou omissões que resultarem em prejuízo ao erário ou ao meio ambiente, já que a realização de auditoria, sindicância, processo administrativo ou outro procedimento que relate detalhadamente a situação ocorrida será realizada no decorrer do próprio processo. 

Caso o administrador, de ofício, instaure a Tomada de Contas Especiais nos casos em que o dano for ocasionado por omissão ou ato praticado por seus agentes subordinados, a instrução do processo prescindirá de informação completa e comprovada de parte do administrador a respeito das providências adotadas com a finalidade de obter o integral ressarcimento ao erário e a responsabilização dos envolvidos. 

Quando a atuação que importou em dano ao erário ou ao meio ambiente for ocasionada por omissão ou ato praticado pelo administrador municipal, o responsável pelo sistema de controle interno tem competência para instaurar, de ofício, o processo de Tomadas de Conta Especial.