O Instituto contará com uma Procuradoria, sendo o cargo de Procurador-Chefe nomeado pelo Governador do Estado dentre advogados de notável saber jurídico e reputação ilibada.

O Instituto terá como órgão máximo o Conselho Diretor, devendo contar, também, com uma Procuradoria, uma Corregedoria, uma Biblioteca, um Laboratório de Análises de Qualidade Ambiental, uma Ouvidoria e 09 (nove) Agências Regionais, além das unidades especializadas incumbidas de diferentes funções.

A natureza de autarquia especial conferida ao Instituto é caracterizada por autonomia administrativa, financeira e patrimonial, sendo assegurado, nos termos desta Lei, as prerrogativas necessárias ao exercício adequado de sua competência.

O Instituto integrará o Sistema Nacional do Meio Ambiente - SISNAMA, o Sistema Nacional de Gerenciamento de Recursos Hídricos - SNGRH, o Sistema Estadual de Gerenciamento de Recursos Hídricos - SEGRH e o Sistema Nacional de Unidades de Conservação - SNUC.

A Corregedoria acompanhará e fiscalizará permanentemente o desempenho dos servidores do Instituto, avaliando sua eficiência e o cumprimento dos deveres funcionais, realizando correições e conduzindo processos disciplinares na forma do regulamento.