A ANAC tem como órgão de deliberação máxima a Diretoria, contando, também, com uma Procuradoria, uma Corregedoria, um Conselho Fiscal e uma Ouvidoria, além das unidades especializadas.

A Diretoria atuará em regime de colegiado e será composta por um Diretor-Presidente e mais cinco diretores, que decidirão por maioria simples, cabendo ao Diretor-Presidente, além do voto ordinário, o voto de qualidade.

Conceder ou autorizar a exploração da infraestrutura aeronáutica e aeroportuária é uma das competências da ANAC.

As sessões deliberativas da Diretoria que se destinem a resolver pendências entre agentes econômicos, ou entre estes e usuários da aviação civil, serão reservadas.

Os Diretores serão brasileiros de reputação ilibada, formação universitária e elevado conceito no campo de especialidade dos cargos para os quais serão nomeados pelo Presidente da República, após serem aprovados pela Câmara dos Deputados.