A Comissão Nacional de Energia Nuclear – CNEN é responsável pelo licenciamento ambiental de empreendimentos e atividades destinadas a pesquisar, lavrar, produzir, beneficiar, transportar, armazenar e dispor material radioativo, em qualquer estágio, ou que utilizem energia nuclear em qualquer de suas formas e aplicações.

Compete ao órgão ambiental estadual o licenciamento ambiental de empreendimentos localizados ou desenvolvidos no mar territorial e na plataforma continental, quando esse se trata de empreendimento cujo impacto se limita ao território do estado. 

O Exército Brasileiro é responsável pelo licenciamento ambiental de bases ou empreendimentos militares.

O IBAMA é responsável pelo licenciamento de empreendimentos cujos impactos ambientais diretos ultrapassem os limites territoriais do País ou daqueles desenvolvidos conjuntamente no Brasil e em país limítrofe.

O licenciamento ambiental de empreendimentos localizados em terras indígenas é de responsabilidade da Fundação Nacional dos Povos Indígenas – FUNAI.