Em pacientes internados, a coleta de amostra para realização de RT-qPCR pode exceder os 14 dias do início dos sintomas, nesse caso a amostra preferencial é o aspirado de secreção traqueal ou lavado bronco alveolar.

Segundo a Sociedade Brasileira de Patologia Clínica/Medicina Laboratorial, a detecção do vírus por RT-qPCR (reação em cadeia da polimerase com transcrição reversa em tempo real) permanece sendo o teste laboratorial de escolha para o diagnóstico de pacientes sintomáticos na fase aguda (entre o 3º e 7º dia da doença).

Em pacientes internados com suspeita clínica de infecção por SARS-CoV-2 que realizaram coleta por swab combinado com resultado não detectável, é indicado a realização de nova coleta (aspirado de nasofaringe ou traqueal) para análise molecular (RT- qPCR) após 48h da primeira coleta.

Permite identificar a presença do vírus SARS-CoV-2 em amostras coletadas da nasofaringe até o 7º dia de início dos sintomas.

Tem por objetivo diagnosticar casos graves internados e casos leves em unidades sentinela para monitoramento da epidemia.