A tecnologia de sequenciamento Illumina® é uma das mais utilizadas atualmente no campo da biologia molecular devido à sua precisão e eficiência. Vamos analisar a questão proposta, que pede para identificar a afirmativa incorreta sobre essa tecnologia.

Alternativa A: "Na preparação do DNA para o sequenciamento, é desnecessária a ligação de adaptadores de DNA."

Incorreta. A ligação de adaptadores de DNA é uma etapa crucial no sequenciamento Illumina®. Esses adaptadores são necessários para a ligação das amostras de DNA ao substrato sólido, permitindo a amplificação e o sequenciamento subsequente. Sem os adaptadores, a tecnologia não pode realizar a leitura das sequências de DNA. Portanto, esta alternativa está errada.

Alternativa B: "Na etapa inicial, as fitas simples de DNA se ligam randomicamente à superfície."

Correta. Na tecnologia Illumina®, as fitas simples de DNA realmente se ligam de forma randomizada à superfície do flow cell, onde ocorrerá a amplificação por PCR em ponte.

Alternativa C: "Para a amplificação, a enzima incorpora nucleotídeos para produzir uma dupla fita em ponte que é realizada em um substrato sólido."

Correta. A amplificação por PCR em ponte ocorre em um substrato sólido. As fitas de DNA formam pontes, sendo amplificadas para criar cópias que são lidas durante o sequenciamento.

Alternativa D: "A etapa de desnaturação da dupla fita produzida deixa as fitas simples ancoradas no substrato."

Correta. Após a replicação, as fitas duplas são desnaturadas, deixando uma das fitas ancorada no substrato, permitindo novas rodadas de amplificação.

Alternativa E: "A etapa de amplificação termina quando são formados milhões de agrupamentos de fita duplas de DNA com alta densidade no substrato sólido."

Correta. A amplificação termina com a formação de milhões de clusters de DNA, que são essenciais para o processo de sequenciamento de alta densidade.

Portanto, a alternativa A é a única que apresenta uma informação incorreta sobre o processo de sequenciamento Illumina®.

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Gabarito A.

O princípio desta metodologia (Illumina) é similar ao método proposto por Sanger, pois temos em ambas a síntese de uma fita complementar ao DNA alvo utilizando DNA polimerase e nucleotídeos terminadores marcados com diferentes fluoróforos. A fluorescência emitida após a incorporação de cada nucleotídeo é registrada como imagem e no final, através de uma decodificação destas imagens, tem se a sequencia de interesse. Como toda técnica de sequenciamento de segunda geração, é preciso primeiro preparar as bibliotecas contendo o DNA a ser sequenciado. Assim, o DNA é clivado, os fragmentos de tamanho apropriado são selecionados e ligados à adaptadores em ambas as extremidades.