O tema central da questão é a comparação de sequências genéticas, focando na proporção de diferenças nucleotídicas entre espécies de plantas e a análise de genes não homólogos. Vamos analisar cada afirmativa para entender por que a alternativa correta é a letra D.

Afirmativa I: "Quando comparado com íntrons do mesmo gene, os éxons vão mostrar um p maior entre as espécies de plantas."

Os éxons, que são regiões codificadoras de proteínas, tendem a ser mais conservados evolutivamente quando comparados aos íntrons, que são regiões não codificadoras. Portanto, é esperado que os éxons mostrem uma menor taxa de substituição (ou p) entre espécies de plantas, uma vez que mudanças nos éxons podem afetar a função proteica. Assim, essa afirmativa está incorreta.

Afirmativa II: "As proteínas não homólogas irão mostrar uma proporção de 25% de aminoácidos idênticos."

Proteínas não homólogas não compartilham uma origem evolutiva comum, portanto, a afirmação de que elas teriam uma proporção específica, como 25%, de aminoácidos idênticos é infundada. A semelhança de aminoácidos entre proteínas não homólogas é geralmente aleatória e não segue um padrão específico. Logo, essa afirmativa também está incorreta.

Afirmativa III: "O numerador de p é exatamente o somatório do número de transições com o de transversões entre as sequências."

O cálculo da proporção p de diferenças entre duas sequências de nucleotídeos é feito somando-se o número de transições (troca entre purinas ou entre pirimidinas) e o número de transversões (troca entre uma purina e uma pirimidina) para obter o número total de diferenças. Portanto, o numerador de p realmente corresponde ao somatório das transições e transversões, tornando essa afirmativa correta.

Assim, a alternativa correta é a letra D, pois apenas a afirmativa III está correta. Entender esses conceitos é fundamental em estudos comparativos de genomas, um tema comum em biologia molecular e análise genética.

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A alternativa correta é a letra D, pois apenas a afirmativa III está correta. A proporção de nucleotídeos diferentes (p) é calculada a partir da divisão entre o número de nucleotídeos diferentes (numerador) e o total de nucleotídeos (denominador). Esse numerador é obtido somando-se o número de transições (troca de um nucleotídeo por outro do mesmo tipo, ou seja, purina por purina ou pirimidina por pirimidina) e o número de transversões (troca de um nucleotídeo por outro de tipo diferente, ou seja, purina por pirimidina ou vice-versa) entre as sequências. Portanto, a afirmativa III está correta. As afirmativas I e II estão incorretas, pois não há relação direta entre a presença de éxons (partes do gene que são expressas em proteínas) e íntrons (partes do gene que não são expressas) e a proporção de nucleotídeos diferentes entre as espécies de plantas, e a proporção de aminoácidos idênticos entre proteínas não homólogas pode variar bastante dependendo da sequência específica dessas proteínas.