O tema central da questão é o uso do BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), uma ferramenta fundamental em biologia molecular para comparar sequências biológicas, como DNA, RNA ou proteínas. Vamos analisar cada afirmativa para entender melhor.

Afirmativa I: "A identificação de sequências pelo BLAST apresenta um problema de circularidade associada a identificação."
Essa afirmativa está correta. O problema de circularidade no BLAST refere-se ao fato de que a identificação de sequências pode se basear em sequências previamente identificadas, criando um ciclo de dependência. Isso pode levar a identificação incorreta ou enviesada se as sequências de referência não forem precisas.

Afirmativa II: "BLAST fornece uma medida do grau de homologia, isto é, ancestralidade comum, entre as duas sequências comparadas."
Essa afirmativa está incorreta. O BLAST não mede diretamente a homologia, que implica ancestralidade comum. Ele mede a similaridade entre sequências, ou seja, o quão parecidas duas sequências são. Similaridade pode sugerir homologia, mas não a confirma por si só. A homologia é um conceito evolutivo e não pode ser determinada apenas por ferramentas de alinhamento.

Afirmativa III: "Uma ferramenta comum para inferência de ortologia entre duas sequências de genomas diferentes é usando a ferramenta BBH (Best bi-directional hit, em inglês)."
Essa afirmativa está correta. O método BBH é uma abordagem comum para inferir ortologia, que é a relação entre genes em diferentes espécies que evoluíram de um ancestral comum por especiação. No BBH, duas sequências são consideradas ortólogas se cada uma é o melhor hit da outra em buscas de alinhamento recíprocas.

Com base na análise das afirmativas, a alternativa correta é a C - se apenas as afirmativas I e III estiverem corretas.

Espero que esse comentário tenha ajudado a esclarecer seus conceitos sobre o BLAST e suas aplicações. Gostou do comentário? Deixe sua avaliação aqui embaixo!

A questão se refere ao BLAST, uma ferramenta muito utilizada em bioinformática para comparação de sequências de DNA ou proteína. A afirmativa I está incorreta, pois o BLAST não apresenta um problema de circularidade associada à identificação de sequências. A afirmativa II está correta, pois o BLAST fornece uma medida do grau de homologia entre as sequências comparadas, ou seja, da ancestralidade comum. Já a afirmativa III também está correta, pois a ferramenta BBH é comumente utilizada para inferência de ortologia entre sequências de genomas diferentes. Portanto, a resposta correta é a alternativa C, que indica que apenas as afirmativas I e III estão corretas.

BLAST significa Basic Local Alignment Seach Tool (Ferramenta básica de Busca de Alinhamentos Locais). Trata-se de uma ferramenta de busca de similaridade entre sequências biológicas (DNA ou aminoácidos ). Este algoritmo prioriza alinhamentos de locais específicos da sequência, com respaldo estatístico, em lugar de realizar alinhamentos globais, como os realizados por programas de alinhamentos de múltiplas sequências, como o Clustral. Com isso, o programa é capaz de identificar relação entre sequências que compartilham similaridade, mesmo que esta ocorra em algumas regiões isoladas.