O subprograma de controle em estabelecimentos de abate de ruminantes visa apenas à aplicação de boas práticas de manejo e de bem-estar animal, sem exigir a retirada de materiais de risco específicos (MRE) das carcaças. 

Os estabelecimentos de abate de ruminantes devem aplicar procedimentos para a retirada de materiais de risco específicos (MRE) das carcaças, como parte do controle e mitigação do risco de EEB.

A responsabilidade pela coordenação do PNEEB é atribuída aos Serviços Veterinários Estaduais e Municipais, que estabelecem os procedimentos e normas aplicáveis.

A retirada de materiais de risco específicos (MRE) é obrigatória apenas para bovinos com mais de 30 meses de idade, sendo opcional para outras faixas etárias.