A gestão por programas institucionais corresponde a uma inovação de modelo gerencial na gestão pública, no sentido de fortalecer a estrutura administrativa departamental.

A adoção de programas no Plano Plurianual (PPA) como referência para alocação de recursos não logrou êxito na administração pública do início deste século, encontrando-se em processo de substituição atualmente.

Os programas institucionais no Brasil são concebidos com a intenção de integrar recursos, dentro de um modelo gerencial de atribuição de responsabilidades, orientação de esforços de execução para a obtenção de resultados.

O monitoramento e avaliação dos programas institucionais visa controlar custos, deixando as questões de satisfação do usuário e transparência para outras fases e componentes do gerenciamento.

A seleção de programas estruturantes para o Sistema Único de Saúde - SUS, é incapaz de contribuir para a melhoria de qualidade do gasto público.