Falta de tradição, familiaridade e conhecimento dos profissionais do sistema com a temática da saúde-doença relacionada ao trabalho, o que leva à crônica incapacidade técnica para o diagnóstico e o estabelecimento da relação das doenças com o trabalho. 

Pouca participação dos trabalhadores. Muitos sindicatos limitam-se, na sua relação com o SUS, à geração de demandas pontuais, que acabam por preencher a agenda de muitos CRST. Falta, entretanto, uma integração construtiva na qual trabalhadores e técnicos da saúde busquem compreender a complexidade da situação da saúde do trabalhador em conjunturas e espaços específicos e, a partir daí, traçar estratégias comuns para superar as dificuldades.

Falta de informações adequadas sobre os agravos à saúde, relacionados ao trabalho nos sistemas de informação em saúde e sobre sua ocorrência na população trabalhadora, no setor informal.

Atribuições concorrentes ou mal definidas entre os diferentes órgãos que atuam, na área.

Indefinição de mecanismos imprecisos e passageiros para o financiamento de ações em saúde do trabalhador.