Nas águas de classe especial, é permitido o lançamento de efluentes ou disposição de resíduos domésticos, agropecuários, de aquicultura, industriais e de quaisquer outras fontes poluentes, desde que tratados. 

No controle das condições de lançamento, é permitida, para fins de diluição antes do seu lançamento, a mistura de efluentes com águas de melhor qualidade, tais como as águas de abastecimento, do mar e de sistemas abertos de refrigeração sem recirculação. 

Enquanto não aprovados os respectivos enquadramentos dos corpos d’água, as águas doces serão consideradas classe 3, as salinas e salobras classe 2, exceto se as condições de qualidade atuais forem melhores, o que determinará a aplicação da classe menos rigorosa correspondente. 

Para o lançamento de efluentes tratados no leito seco de corpos de água intermitentes, o órgão ambiental competente definirá, ouvido o órgão gestor de recursos hídricos, condições especiais. Em corpos de água intermitentes ou com regime de vazão que apresente diferença sazonal significativa, as metas progressivas obrigatórias poderão variar ao longo do ano.