A contaminação bacteriana em reatores de fermentação pode interferir significativamente no crescimento da levedura e na produção de álcool, mesmo quando os níveis de contaminação estão abaixo do considerado ótimo, na maioria das destilarias brasileiras, que é de 105 UFC/mL, de acordo com um estudos realizados. Isso pode resultar em sérios prejuízos para as leveduras, afetando diretamente a produtividade e o rendimento final da fermentação. A presença de contaminantes na fermentação pode causar processos desassimilativos, resultando em perda de açúcar e intoxicação das leveduras, prejudicando todo o processo de produção. A partir disso, é possível que seja encontrado o seguinte componente orgânico tóxico para leveduras, a partir da desassimilação do substrato para produção de álcool: