As Forças Armadas, embora subordinadas hierarquicamente aos Comandantes da Marinha, do Exército e da Aeronáutica, vinculam-se funcionalmente ao Ministério da Defesa, cuja titularidade dispensa a condição de brasileiro nato em razão do princípio da igualdade de acesso aos cargos públicos, restando ao Presidente da República apenas a atribuição protocolar de nomeação. 

A atuação das Forças Armadas na garantia da lei e da ordem depende, exclusivamente, da provocação do Presidente da República, vedada a iniciativa do Poder Legislativo ou do Poder Judiciário, em razão da unicidade do comando supremo das Forças Armadas, conferido com exclusividade ao Chefe do Poder Executivo federal. 

A iniciativa das leis que fixem ou modifiquem os efetivos das Forças Armadas e que disponham sobre o regime jurídico dos militares, seu provimento de cargos, estabilidade e aposentadoria é concorrente entre o Presidente da República e o Congresso Nacional, considerando que a matéria afeta a organização do Estado e o regime dos servidores públicos em geral.  

Os Comandantes da Marinha, do Exército e da Aeronáutica, embora nomeados pelo Presidente da República por força da Emenda Constitucional n. 23, de 1999, não possuem status equiparado ao de Ministros de Estado, razão pela qual são processados e julgados perante a Justiça Federal comum nas infrações penais comuns, e perante o Superior Tribunal de Justiça nos crimes de responsabilidade. 

As Forças Armadas, constituídas pela Marinha, pelo Exército e pela Aeronáutica, encontram-se sob a autoridade suprema do Presidente da República e destinam-se à defesa da Pátria, à garantia dos poderes constitucionais e, por iniciativa de qualquer destes, da lei e da ordem, competindo, privativamente, ao Presidente da República a iniciativa de lei para a fixação ou modificação dos seus efetivos e para a disciplina do regime jurídico dos militares, sendo os Comandantes nomeados pelo Presidente equiparados a Ministros de Estado, com foro privilegiado no Supremo Tribunal Federal nas infrações penais comuns e nos crimes de responsabilidade.