A atividade da pepsina é concluída quando o conteúdo gástrico se mistura com o suco pancreático alcalino no intestino delgado.

O colágeno é um constituinte importante do tecido conjuntivo intercelular das carnes. Para que as enzimas digestivas do trato digestório penetrem nas carnes e possam digerir as proteínas celulares, é necessário que as fibras de colágeno sejam inicialmente digeridas.

A ação da pepsina é responsável por cerca de 10 a 20% da digestão total de proteínas.

Indivíduos com deficiência de atividade péptica no estomago, as carnes ingeridas não sofrem tanto a ação das enzimas digestivas, e consequentemente podem ser mal digeridas.

A ativação do pepsinogênio pode ocorrer por meio do processo denominado autocatálise, que ocorre quando o pepsinogênio atua sobre a pepsina, ativando-o.