A investigação de rotina com Eletroencefalograma (EEG) e Neuroimagem (TC ou IRM) deve ser desencorajada, sendo o EEG realizado somente se houver indícios de epilepsia, e a neuroimagem somente se houver razão clínica específica (ex: HIC), mesmo na presença de macrocefalia.

A regressão da linguagem no TEA é clinicamente indistinguível da Síndrome de Landau-Kleffner, sendo o EEG o único método diagnóstico para diferenciar as duas condições.

A investigação de Erros Inatos do Metabolismo (EIM) é obrigatória, pois correspondem à maioria das causas de TEA, especialmente a Fenilcetonúria e a deficiência de biotinidase. 

A presença de macrocefalia (crescimento de 5 a 10% acima do normal nos primeiros 2 anos) é um sinal de alarme no TEA, indicando obrigatoriamente a realização de IRM para descartar hidrocefalia associada.