Na esfera federal, os recursos financeiros, originários exclusivamente do Orçamento da Seguridade Social, serão administrados pelo Ministério da Saúde, através do Fundo Nacional de Saúde. 

Para o estabelecimento de valores a serem transferidos a Estados, Distrito Federal e Municípios, será utilizada a combinação de critérios específicos, segundo análise técnica de programas e projetos. 

Na distribuição dos recursos financeiros da Seguridade Social, será observada a mesma proporção da despesa prevista de cada área, no Orçamento da Seguridade Social.

Os recursos financeiros do Sistema Único de Saúde (SUS) serão depositados em conta especial, em cada esfera de sua atuação, e movimentados sob fiscalização dos respectivos Conselhos de Saúde.

 Nos casos de Estados e Municípios sujeitos a notório processo de migração, os critérios demográficos mencionados na referida lei serão ponderados por outros indicadores de crescimento populacional, em especial o número de eleitores registrados.