Os recursos financeiros do Sistema Único de Saúde (SUS) serão depositados em conta coletiva, com acesso em cada esfera de sua atuação e movimentados sob fiscalização da Comissão Intergestores Tripartite. 

Na esfera federal, os recursos financeiros, originários do Orçamento da Seguridade Social, de outros Orçamentos da União, além de outras fontes, serão administrados pelo Ministério da Saúde, através do Fundo Nacional de Saúde.

O Ministério da Saúde acompanhará, através de seu sistema de auditoria, a conformidade à programação aprovada da aplicação dos recursos repassados a Estados e Municípios.

O orçamento da seguridade social destinará ao Sistema Único de Saúde (SUS), de acordo com a receita estimada, os recursos necessários à realização de suas finalidades. 

Para o estabelecimento de valores a serem transferidos a Estados, Distrito Federal e Municípios, será utilizada a combinação de alguns critérios, segundo análise técnica de programas e projetos, entre eles, o perfil demográfico da região e o perfil epidemiológico da população a ser coberta.