O Conselho de Governo constitui órgão superior do SISNAMA, com a função de assessorar o Presidente da República na formulação da política nacional e nas diretrizes governamentais para o meio ambiente e os recursos ambientais.

O Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA) constitui órgão central do SISNAMA, com a finalidade de planejar, coordenar, supervisionar e controlar, como órgão federal, a política nacional do meio ambiente.

O IBAMA e o Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade integram o SISNAMA como órgãos seccionais, responsáveis pela execução de programas e projetos estaduais de controle ambiental.

Os órgãos locais do SISNAMA são os órgãos ou entidades estaduais responsáveis pelo controle e fiscalização de atividades capazes de provocar degradação ambiental em suas respectivas jurisdições.

Os Municípios poderão elaborar normas ambientais supletivas e complementares sem observância das normas e dos padrões federais e estaduais.