O órgão de Auditoria Interna da EBSERH vincula-se diretamente ao Conselho Consultivo, e terá suporte administrativo da Presidência da EBSERH, que proverá os meios e condições necessários à execução das suas competências.

A Auditoria Interna possui autorização para acesso a registros, pessoal, informações, sistemas e propriedades físicas relevantes à execução de suas ações de controle.

A nomeação, designação, exoneração ou dispensa do Auditor Geral, titular da Auditoria Interna da Sede, será submetida, pelo Presidente da EBSERH, à aprovação do Ministro de Estado da Educação e, subsequentemente, à aprovação da Controladoria-Geral da União.

Todos os servidores e empregados da EBSERH prestarão o apoio necessário para a realização das Ações de Controle da Auditoria Interna, sendo vedada solicitação à assistência de especialistas e de outros profissionais, internos ou externos à instituição.

A Auditoria Interna é um órgão de administração, independente da EBSERH, vinculado à Controladoria-Geral da União.