A identificação do treponema pela pesquisa microscópica em campo escuro é o padrão-ouro do diagnóstico da doença em pacientes com doença sintomática tardia, especialmente na presença da fase latente. 

Apesar de os testes não treponêmicos serem baratos, de fácil execução e amplamente disponíveis, têm menor sensibilidade nas fases primária e terciária da doença, podem apresentar resultados falso-positivos (devido a infecções causadas por outras espécies de treponemas, doenças do colágeno, neoplasias, uso de drogas, de abuso e a própria gestação). Essa falsa positividade ocorre, entretanto, com títulos geralmente baixos (≤1/4) e deve ser considerada situação de exceção durante a gravidez. 

Como são titulados, os testes treponêmicos devem ser o padrão de seguimento após tratamento, buscando-se observar os títulos decaindo ou negativando, especialmente se o tratamento foi realizado em fases iniciais da doença. 

De maneira geral, os testes não treponêmicos são mais sensíveis e específicos que os treponêmicos em todos os estágios da sífilis, e resultados falso-positivos são infrequentes. Os testes não treponêmicos confirmam o diagnóstico da doença.