O CPPM e o procedimento investigativo pré-processual comum tratam do arquivamento de IPM de forma distinta, uma vez que o CPPM prescreve hipóteses taxativas de arquivamento e disciplina expressamente as possibilidades de arquivamento implícito e de ofício de autoridade judiciária militar.

As medidas preliminares previstas para o IPM são taxativas e devem ser todas cumpridas, em qualquer caso e circunstância, na sua integralidade, sob pena de ofensa ao princípio constitucional do devido processo legal.

Na tramitação de IPM, assegura a norma de regência, de forma peculiar e garantidora, o direito do investigado de ser ouvido apenas na presença do advogado por ele próprio indicado ou de ser assistido por defensor público.

No sistema processual castrense, não há previsão para o juiz requisitar a instauração de IPM, entendendo a doutrina e a jurisprudência ser vedado ao juiz requisitar ou ordenar a instauração de procedimento investigativo.

No âmbito do IPM, em face da especialidade do sistema investigativo castrense, é assegurada a possibilidade de se manter incomunicável o investigado, por ato devidamente fundamentado do encarregado do IPM, pelo prazo máximo de três dias. Essa possibilidade vem sendo corroborada pela jurisprudência pátria.