O farmacêutico responsável deve manter os medicamentos da lista A2 em cofre de segurança, separado de outros medicamentos controlados, e o registro de entrada e saída deve ser feito em livro específico para cada substância. 

Medicamentos da lista C3 podem ser armazenados junto a medicamentos de venda livre, desde que fiquem em prateleiras identificadas e acessíveis apenas ao farmacêutico.

O inventário mensal de medicamentos das listas A e B é obrigatório e deve ser encaminhado à Vigilância Sanitária local até o quinto dia útil do mês subsequente.

O farmacêutico é obrigado a comunicar à Vigilância Sanitária qualquer perda, roubo ou extravio de medicamentos controlados no prazo máximo de 24 horas, independentemente do tipo de substância envolvida.