Para a remessa, as amostras de moluscos bivalves e de água devem ser devidamente embaladas, lacradas, acondicionadas e encaminhadas aos laboratórios. As amostras de moluscos bivalves devem ser transportadas ao laboratório, sob refrigeração constante à temperatura entre 1 °C (um grau Celsius) e 7 °C (sete graus Celsius), podendo ser admitido o congelamento em situações excepcionais e a critério do serviço oficial de saúde animal.

A vigilância de contaminantes microbiológicos é baseada na concentração de Escherichia coli e Salmonella sp. por meio da determinação do número mais provável - NMP em amostras de moluscos bivalves. O acondicionamento e o transporte das amostras destinadas às análises microbiológicas devem ser realizados de modo a evitar o congelamento, respeitando-se o intervalo ideal de até de 12 (doze) horas entre a coleta e o início da análise laboratorial.

Para as análises de contaminantes inorgânicos e hidrocarbonetos policíclicos aromáticos, cada amostra deve conter a quantidade de indivíduos suficiente para se obter 200 (duzentos) g de partes comestíveis de moluscos bivalves. 

As amostras de moluscos bivalves devem ser compostas de indivíduos vivos, de tamanho comercial e da espécie considerada sentinela para a vigilância de contaminantes, sendo que os definidos como sentinelas são os mexilhões da espécie Perna perna, admitindo-se, na sua ausência, a espécie presente no local que, de acordo com estudos técnico-científicos, acumula os maiores níveis de contaminantes e atua como indicadora de contaminação.