O protocolo constitui conjunto de operações que visa ao controle do fluxo documental, registrando entrada, movimentação interna e expedição de documentos, atribuindo número sequencial e data aos processos. 

A autuação de processo administrativo deve conter termo de abertura identificando interessado, assunto e servidor responsável, além de numeração sequencial das folhas para garantir integridade e evitar supressões ou inserções indevidas.

Processos que tramitam em meio físico podem ter suas folhas organizadas em ordem cronológica decrescente (mais recentes no topo), facilitando visualização das últimas movimentações pelos gestores. 

O sistema de gestão de processos eletrônicos deve garantir autenticidade, integridade e temporalidade documental através de certificação digital, trilha de auditoria e controle de versões dos documentos anexados.

A juntada de documentos em processos já autuados deve ser registrada em termo próprio, indicando quantidade de folhas anexadas e data da operação, mantendo-se cronologia das inclusões.