Entidades sem fins lucrativos são equiparadas a uma empresa com finalidades lucrativas (art. 2º, § 1º da CLT), portanto, devem cumprir com a cota dos PCDs.

Lei 8.213/91: Art. 93. A empresa com 100 (cem) ou mais empregados está obrigada a preencher de 2% (dois por cento) a 5% (cinco por cento) dos seus cargos com beneficiários reabilitados ou pessoas portadoras de deficiência, habilitadas, na seguinte proporção:

I - até 200 empregados...........................................................................................2%;

II - de 201 a 500......................................................................................................3%;

III - de 501 a 1.000..................................................................................................4%;

IV - de 1.001 em diante. .........................................................................................5%.

Evelyn, as convenções da OIT ratificadas pelo Brasil estão nesta lista

http://www.oitbrasil.org.br/convention

Na verdade, a resposta dessa questão, de uma parte, encontra-se prevista  no art. 14, p único, da lei 8213/91:

"  Equipara-se a empresa, para os efeitos desta Lei, o contribuinte individual em relação a segurado que lhe presta serviço, bem como a cooperativa, a associação ou entidade de qualquer natureza ou finalidade, a missão diplomática e a repartição consular de carreira estrangeiras".

Eu confundi com a cota de aprendizagem (5 a 15%), pois aqui a empresa sem fins lucrativos nao está obrigada a cumpri-la.

Art. 429. Os estabelecimentos de qualquer natureza são obrigados a empregar e matricular nos cursos dos Serviços Nacionais de Aprendizagem número de aprendizes equivalente a cinco por cento, no mínimo, e quinze por cento, no máximo, dos trabalhadores existentes em cada estabelecimento, cujas funções demandem formação profissional.(Redação dada pela Lei nº 10.097, de 2000)

a) revogada; (Redação dada pela Lei nº 10.097, de 2000)

b) revogada. (Redação dada pela Lei nº 10.097, de 2000)

§ 1o-A. O limite fixado neste artigo não se aplica quando o empregador for entidade sem fins lucrativos, que tenha por objetivo a educação profissional. (Incluído pela Lei nº 10.097, de 2000)