No período inicial da colonização, a administração foi centralizada no Rio de Janeiro, de onde partiam as ordens reais para os donatários das Capitanias Hereditárias.

A administração da colônia, nos primeiros anos, foi organizada de forma descentralizada, através do sistema das Capitanias Hereditárias.

A colônia foi administrada por particulares vindos de Portugal e de Flandres, conhecidos como donatários. Eles deviam obedecer aos Forais, conjunto de leis que regulavam desde o comércio à vida privada dos flamengos e lusitanos que viviam nas terras brasileiras.

A administração da colônia foi, desde o início, altamente centralizada. O monarca português, estabelecido na Capitania da Bahia, controlava os donatários das diversas províncias.

No início do século 15, o “Governo Geral” substituiu o sistema de Capitanias Hereditárias. A colônia foi dividida em lotes independentes uns dos outros e da Coroa, entregues a nobres e endinheirados portugueses que assumiram o ônus da colonização.