A segregação patrimonial é um procedimento facultativo e gerencial, voltado exclusivamente para a transparência na prestação de contas aos participantes.

Em virtude do princípio do mutualismo, existe solidariedade entre os diferentes planos de benefícios administrados por uma mesma entidade, permitindo que recursos de um plano cubram obrigações de outro. 

A contabilidade das EFPC deve ser elaborada respeitando a autonomia patrimonial de cada Plano de Benefícios (Previdenciais e Assistenciais) e do Plano de Gestão Administrativa (PGA), segregando patrimônio, mutações e resultados.

O patrimônio dos planos de autogestão assistencial pode ser utilizado de forma intercambiável com o patrimônio dos planos previdenciários, desde que ambos atendam ao mesmo grupo de participantes.

A inscrição de cada plano no Cadastro Nacional de Pessoa Jurídica (CNPJ) tem fins apenas cadastrais e não possui impacto na segurança jurídica do patrimônio segregado.