A fiscalização dos estabelecimentos farmacêuticos deve ser realizada com base em prioridades estabelecidas pelos Conselhos Regionais, sendo os estabelecimentos ilegais e irregulares os prioritários, seguidos daqueles para os quais há denúncias.

É permitido que uma drogaria funcione sem a presença do farmacêutico responsável ou substituto, pelo prazo de até trinta dias, desde que durante este período não sejam realizadas atividades privativas, exceto, procedimentos de intercambialidade. 

Para definição do Perfil de Assistência Farmacêutica devem ser consideradas todas as constatações de presença e ausência dos farmacêuticos em um estabelecimento, computadas individualmente para cada um dos profissionais, e sem considerar as ausências justificadas destes. 

Em caso de ausência durante o horário das atividades de assistência farmacêutica, o farmacêutico responsável tem o prazo de cinco dias úteis, a contar da data do termo de ciência e notificação do auto de infração emitido pelo fiscal, para encaminhar a justificativa de ausência ao Conselho Regional.