A mais aceita é a teoria postulada por Sampson, também chamada de teoria da menstruação retrógrada. Estudos com imunohistoquímica demonstrando diferenças moleculares entre o tecido endometrial e os implantes endometrióticos têm levantado questionamentos a respeito dessa teoria. 

As pacientes com anomalias obstrutivas no trato genital inferior, menarca precoce, ciclos menstruais curtos ou com menorragia apresentam maior incidência da doença. Entretanto, há também a evidência da existência de fatores individuais que irão determinar quem desenvolverá a patologia.

A teoria da metaplasia celômica sugere que ocorra a transformação do epitélio celômico, principalmente ovariano e peritoneal, em tecido endometrial. 

Acredita-se na existência de uma herança genética complexa resultante da interação entre genes de suscetibilidade e fatores ambientais.

A teoria da menstruação retrógrada é a mais bem aceita devido ao fato de o refluxo menstrual ser um evento raro.