Cada Instituto Federal é organizado em estrutura multicampi, com proposta orçamentária anual identificada para cada campus e a reitoria, inclusive no que diz respeito a pessoal, encargos sociais e benefícios aos servidores. 

A administração dos Institutos Federais terá como órgãos superiores a Reitoria, o Colégio de Dirigentes e o Conselho Superior.

O Colégio de Dirigentes, de caráter deliberativo, será composto pelo Reitor, pelos Pró Reitores e pelo Diretor-Geral de cada um dos campi que integram o Instituto Federal. 

O Conselho Superior, de caráter consultivo e deliberativo, será composto por representantes dos docentes, dos estudantes, dos servidores técnico-administrativos, dos egressos da instituição, da sociedade civil, do Ministério da Educação e do Colégio de Dirigentes do Instituto Federal, assegurando-se a representação paritária dos segmentos que compõem a comunidade acadêmica.

A reitoria, como órgão de administração central, deverá ser instalada em espaço físico distinto de qualquer dos campi que integram o Instituto Federal.