A inspeção de rotina é realizada periodicamente para verificar o cumprimento da legislação sanitária, enquanto a inspeção de denúncia é motivada por informações sobre possíveis irregularidades, a de licenciamento visa à concessão de autorizações e a de investigação apura eventos adversos ou surtos.

A inspeção de rotina deve seguir cronograma fixo estabelecido anualmente, não podendo ser antecipada ou postergada mesmo em situações de risco iminente à saúde pública que justifiquem alteração do planejamento. 

 A inspeção de denúncia exige sempre a identificação do denunciante nos autos do processo, garantindo o contraditório e permitindo ao fiscalizado conhecer a origem das informações que motivaram a ação fiscalizatória. 

A inspeção de investigação é competência concorrente entre vigilância sanitária e vigilância epidemiológica, devendo ser realizada conjuntamente por equipes mistas sempre que envolver produtos ou serviços sujeitos à regulação sanitária.

A inspeção de licenciamento deve ser realizada obrigatoriamente após o início das atividades do estabelecimento para validar as condições operacionais reais, podendo resultar na cassação da licença se identificadas não conformidades significativas.